Экспозиция "Подводная археология" располагается в здании исторической водонапорной башни и рассказывает об истории кораблекрушений. Здесь представлены артефакты, поднятые с линейного корабля "Лондон", фрегата "Олег", броненосца "Гангут" и других боевых кораблей и торговых судов. Предметы вооружения, быта, посуда, обувь, инструменты и личные вещи моряков и пассажиров затонувших судов пролежали на дне несколько столетий и являются свидетелями ушедших эпох. В одном из залов Музея сегодня создана достойная экспозиция в память о 54-пушечном линейном корабле "Лондон", разбившемся на Лондонской мели близ острова Котлин в 1719-м году.